Tenchu: Birth of the Stealth Assassins ou Tenchu 2 se déroule 7 ans avant le premier Tenchu: Stealth Assassins.

Toujours le même principe: des missions à effectuer. Cependant, les missions ne sont pas directement données par le Seigneur Gohda mais par le maître Shiunsai, le chef du clan des Azuma.
En plus de Rikimaru et de Ayame le joueur pourra jouer avec un nouveau personnage du nom de Tatsumaru.

L'histoire commence dans le village des ninjas Azuma. Rikimaru et Ayame doivent passer l'examen ninja. Le premier niveau est en fait un niveau d'adaptation afin d'apprendre les différentes commandent du jeu. Une fois le test réussi, Rikimaru et Ayame sont chargés d'effectuer une mission chacun de leur côté. A leur retour, Shiunsai les demande ainsi que Tatsumaru. C'est là que Shiunsai fait de Tatsumaru le chef du clan Azuma en lui confiant l'épée Izayoi. Par la suite, Shiunsai leur confie une nouvelle mission: une rébellion a éclaté au chateau de Gohda. Ils doivent mettre fin à cette rébellion et protéger Gohda.
En arrivant au chateau, Tatsumaru ordonne à Ayame d'aller protéger Dame Kei, la femme de Gohda, ainsi que la princesse Kiku.
Pendant qu'il court jusqu'à Gohda aux côtés de Rikimaru, Tatsumaru voit une ombre et décide d'en savoir plus au sujet de cette attaque. Il ordonne donc à Rikimaru de trouver Gohda et de le protéger.
Ayame arrive trop tard pour sauver Dame Kei. Il ne reste que Kiku et Motohide, l'oncle du seigneur Gohda qui enlève la princesse pour l'amener au camp du Seigneur Toda. Elle se lance donc à la poursuite de Motohide et parvient à retrouver la princesse.
Rikimaru arrive à temps pour sauver Gohda mais pendant le combat contre Motohide, Rikimaru blesse malencontreusement le Seigneur Gohda.
Tatsumaru quant à lui rencontre Kagami qui lui raconte que ce sont les ninjas du Seigneur Toda qui ont envahit le chateau.

Rikimaru et Tatsumaru partent à la recherche de Toda pour ramener sa tête à Gohda. Tatsumaru le trouve en premier mais en arrivant il assiste à la mort de Motohide. Le traître s'est lui aussi fait trahir. Peu après, Tatsumaru combat contre Toda. Avant qu'il ne puisse lui trancher la tête, Kagami arrive et le fait elle-même puis se dirige vers la falaise. Tatsumaru la suit et là elle lui dévoile son plan: un monde gouverner par les ninjas. Tatsumaru est contre cette idée et se bat contre Kagami. Pendant le combat, la falaise s'effondre et Tatsumaru ainsi que Kagami tombent dans la mer. Les deux autres ninjas assistent à cette chute mais ne peuvent rien faire.
Après la chute, Kagami amène Tatsumaru sur la plage. Elle sort son épée pour le tuer mais au moment de passer à l'acte elle ne peut le faire. Tatsumaru se réveille mais il ne se souvient plus de rien. Puisqu'il est amnésique, Kagami va le recruter pour faire partie de l'Aube de Feu pour remplacer un ninja que Tatsumaru avait jadis tué.

Les mois ont passé et Tatsumaru appelé Seiryu le Dragon Bleu pour l'Aube de Feu s'est remis de ses blessures. Rikimaru et Ayame le croient mort mais pour eux les missions vont s'enchaîner.
Sur sa route Rikimaru va croiser le fer avec Tatsumaru mais celui-ci étant amnésique il ne reconnait pas son ami. Viendra le tour d'Ayame mais cette fois Tatsumaru laissera d'autres personnes se charger d'elle.
Rikimaru quant à lui retourne au village des Azuma et se rend compte qu'il a été attaqué. Il arrive trop tard pour sauver Maître Shiunsai et décide de le venger en combattant Tatsumaru. Il perd le combat puis Kagami arrive pour récupérer Tatsumaru.
Après le combat, Ayame retourne au village des Azuma. Lorsqu'elle arrive tout est détruit.Elle croise Kagami suivit de Tatsumaru. Elle décide de les suivre. Kagami la voit et décide de la tuer. Tatsumaru la retient et dit qu'il s'en chargera. Après une petite discussion avec Ayame, la mémoire lui revient mais il ne veut pas intégrer de nouveau les ninjas Azuma et prévient Ayame qu'il la tuera si elle croise à nouveau son chemin.
Rikimaru arrive peu après et avec Ayame ils partent sur les traces de Tatsumaru qui les amènent dans les grottes de Kansen. Ils y découvrent le navire géant de l'Aube de Feu: le Démon de Feu. Rikimaru part avertir Godha tandis que Ayame entre dans le navire.

Tatsumaru fait ses adieux à Kagami car il sait qu'il va mourir. Même en ayant retrouvé la mémoire il décide de se battre pour Kagami car selon lui son rêve mérite que l'on y laisse sa vie.
Ayame va devoir se battre contre Genbu l'un des quatre Seigneurs de l'Aube de Feu puis contre Tatsumaru qui est bien décidé à défendre le navire. Le combat est difficile mais Ayame finit par vaincre Tatsumaru qui s'est suicidé car selon lui "le traître doit mourir". Rikimaru arrive et Ayame lui remet Izayoi ce qui fait de lui le nouveau maître du clan Azuma.
Rikimaru se remémore tout ce qui s'est passé jusque là et rejoint Kagami afin de livrer son ultime combat. Lorsqu'elle le voit arriver Kagami sait que Tatsumaru est mort. Ils livrent donc un combat sans merci mais Rikimaru finit par gagner. Kagami garde tout de même espoir qu'un jour son rêve se réalisera: un monde gouverné par les ninjas. Elle use de ses dernières forces pour rejoindre Tatsumaru...
Rikimaru assiste à l'explosion du navire mais ne sait pas où est Ayame. Celle-ci est sur l'une des planches du bateau, prête à se laisser mourir. Mais là elle repense à Kiku qui est seule sans sa mère et Ayame décide de retourner la voir.
Rikimaru et Ayame se rejoignent sur la tombe de Tatsumaru et décident de servir Godha...
L'histoire ne se termine cependant pas là. Il reste un membre de l'Aube de Feu: Suzaku qui a été vaincu par Rikimaru mais il a ressuscité et réclame plus de destruction et parle du Seigneur Mei-Oh...