Tenchu: Stealth Assassins est le premier Tenchu.
L'histoire met en scène deux ninjas Azuma: Rikimaru et Ayame quoi doivent servir le Seigneur Godha et protéger son royaume protéger le royaume.
Le joueur incarnera donc Ayame ou Rikimaru afin de remplir une mission que le Seigneur Gohda leur aura donner. Le joueur peut choisir un équipement (potions de soins...) avant de commencer la mission.
Etant des ninjas, Ayame et Rikimaru doivent se faire le plus discret possible et ne pas se faire repérer. La meilleure façon de ne pas se faire repérer est de tuer son ennemi discrètement. Pour cela, il y a les "Steath kill qui permettent d'attaquer l'adversaire et de lui infliger un coup fatal. L'intérêt de ne pas se faire repérer ? A la fin de chaque mission, un classement est effectué. Le joueur peut-donc obtenir le statut "Grand maître" et débloquer d'autres objets qui l'aideront dans sa quête.
Pour entrer un peu plus dans le scénario, Rikimaru et Ayame vont devoir faire face au Seigneur Mei-Oh, le roi des Enfers qui est déterminé à délivrer le chaos et la destruction dans le monde à l'aide de son bras droit, Onikage.
Pour mettre fin au clan des Azuma, Mei-Oh et Onikage enlèvent la princesse Kiku afin d'attirer Ayame et Rikimaru dans une grotte.
Rikimaru parvient à vaincre Onikage. Avec Ayame, il trouve Mei-Oh et décide de le combattre. Il réussit à envoyer Mei-Oh dans un portail inter-dimensionnel.
Après le combat, Ayame retrouve Kiku et elles se dirigent vers la sortie aux côtés de Rikimaru. Mais un rocher s'effondre juste après le combat et bloque la sortie. Rikimaru décide donc de se sacrifier et soulève le rocher afin que Ayame et Kiku puissent sortir. Avant de partir, Ayame prend Izayoi, le katana de Rikimaru et le plante au dessus de l'endroit où a été enseveli Rikimaru...
